Dès 1973 émergent des réflexions au sein de la Fédération des Grands Causses pour un territoire en Parc naturel régional et pour une sensibilisation des habitants et des touristes à l’environnement naturel et patrimonial de ce territoire.
En 1982, à l’issue de la lutte du Larzac contre l’extension du camp militaire, un certain nombre de personnes et associations souhaitent continuer à réfléchir et proposer des activités de découverte de ce territoire envers deux publics principalement : les touristes et les scolaires.
L’association est créée, c’est le CIE, Centre d’Initiation à l’Environnement. Il gère dès le début le gîte de La Maladrerie et propose des randonnées de découverte accompagnées et des sorties pour les scolaires.
Le label CPIE est obtenu en 1986 en tant que “CPIE des Grandes Causses”, devenu en 1995 “CPIE du Rouergue” pour traduire l’extension de son territoire à l’ensemble du département de l’Aveyron.
Le siège de l’association et l’essentiel de l’équipe salariée (6 personnes) est basé à Millau avec une antenne à Rodez (Onet le Château) depuis 1999 qui comprend 2 salariés.